Se construyó durante la Guerra de Restauración con Portugal, en el siglo XVII, formando parte del sistema defensivo de la ciudad. Al parecer este lugar estaba anteriormente ocupado por el palacio de los Duques de Orinaza, y es el mismo lugar donde Ibn Marwan pretendía fundar la ciudad en el siglo IX. El Fuerte de San Cristóbal fue un elemento muy importante dentro del Sistema Abaluartado, especialmente durante los ataques provenientes de Portugal.
Hasta mediados del siglo pasado fue un penal militar hasta que en 1973 lo vendió el Ministerio de Defensa al ayuntamiento de nuestra ciudad. En 1978 las autoridades locales plantearon la posibilidad de restaurar el monumento, que se encontraba en un pésimo estado de abandono pero la idea no fraguó. Hubo distintas propuestas de reutilización o rehabilitación, hotel, planetario, museo, etc. pero ninguna prosperó.
Finalmente en 2011 hay un proyecto firme para rehabilitarlo con fondos europeos y en 2014 abre sus puertas.
Lamentablemente infrautilizado desde que se abrió, teniendo en cuenta sus posibilidades por su situación , frente a la parte antigua de la ciudad y la belleza de su entorno con el río Guadiana a sus pies. Después de casi 10 años, aún continúan los eucaliptos mermando sus posibilidades como la mejor atalaya de la ciudad.
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